Haruhi Fujioka è una studentessa della Ouran High School, una scuola immaginaria collocata a Bunkyō, Tokyo. A causa degli enormi costi delle uniformi scolastice, Haruhi decide di vestirsi in modo alternativo e di portare occhiali e capelli corti. Ciò causa un grande fraintendimento da parte degli altri studenti, che scambiano facilmente Haruhi per un ragazzo.

Cercando un posto isolato per studiare, Haruhi capita nella Terza sala di musica, il luogo di ritrovo e di lavoro dell'Ouran Host Club, un gruppo formato da sei studenti attraenti (Takashi "Mori", Mitsukuni "Honey", Kaoru and Hikaru, Tamaki, e Kyoya) che spendono il loro tempo incantando ed intrattenendo le studentesse in cambio di soldi. Durante il loro primo incontro, Haruhi rompe accidentalmente un vaso dal valore di 8.000.000 yen.

In modo da ripagare il grande debito, Haruhi viene assunta come "cane" del club, col compito di preparare il cibo o fare le pulizie. Il presidente del Club, senza sapere che in realtà Haruhi è una ragazza, le promette di farla diventare parte effettivo del club non appena riuscirà a dimostrare il suo potenziale. Anche dopo che la verità è venuta alla luce, Haruhi continua a lavorare nel club in modo da ripagare il suo debito.